Arbeidet i SAMAK koordineres av parti og LO- sekretærene og av lederne i medlemsorganisasjonene. SAMAK har en rekke faste møter på viktige politikkområder og flere ad- hoc grupper som drøfter politiske spørsmål og utarbeider rapporter, politikkutspill og strategier. SAMAK har en egen utenrikspolitisk gruppe som møtes fast og samler utenrikspolitikere fra medlemslandene. Andre aktuelle ad- hoc grupper er f. eks menneskerettighetsforum, integreringsforum, energi- og klimapolitisk arbeidsgruppe og EU-gruppe.

Årsmøtet er SAMAKs høyeste organ og holdes årlig. Hvert fjerde år holdes det arbeiderkongress.